Pada tahuh 1956 berdirilah sebuah yayasan dengan nama Yayasan Pendidikan Islam Tarbiyatur Rohaniah (YPITR) yang berkedudukan di Desa Tegal Rejo Tanjung Enim Kab. Muara Enim, Sumatera Selatan.

Tokoh pendiri sekaligus yang bertindak sebagai Ketua Yayasan pada waktu itu adalah KH. HASAN NAHROWI. Yayasan ini bergerak di bidang Tarekat Naksabandi dan Pendidikan (Agama Islam).

Pada tahun 1958 berdirilah Sekolah Agama Islam Mu’alimin (4 tahun), yang bernaung di bawah Yayasan YPITR Tanjung Enim dengan 5 orang Guru Pengajar.

Adapun Nama Kepala Mu’alimin YPITR yaitu :

  1. SAIDI AHMAD (Periode Tahun 1958 – 1962)
  2. NORMAT (Periode Tahun 1962 – 1967)
  3. CIK SALEH RAKHMAN, BA (Periode Tahun 1967 – 1973)

Pada tahun 1974 Sekolah Agama Islam Mu’alimin berubah nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Swasta (MTsS). Berikut nama kepala MTsS YPITR yaitu :

  1. SYAHRI ALI, BA (Periode Tahun 1974 – 1980)
  2. MISDIONO (Periode Tahun 1980 – 1985)

Pada Tahun 1985 Madrasah Tsanawiyah Swasta (MTsS) berubah menjadi MTsN Filial Muara Enim dengan Madrasah Induk adalah MTsN Muara Enim.

Nama-Nama Kepala MTsN Filial Muara Enim Pada Waktu itu:

  1. MISDIONO (Periode Tahun 1985 – 1989)
  2. Drs. SIBAWEIHI HASIBUAN (PNS) (Periode Tahun 1989-1995)

Pada tahun 1990an, atas prakarsa Kepala Madrasah, Dewan Guru, Pegawai dan BP-3 MTsN Filial Muara Enim, berikhtiar mencari lokasi baru untuk dijadikan lokasi MTsN Filial Muara Enim, mengingat jumlah siswa yang meningkat dari tahun ke tahun, sedangkan lokasi yang ada tidak memungkinkan lagi untuk pengembangan Madrasah(penambahan lokal belajar).

Alhamdulillah atas Izin dan Ridho Allah S.W.T, Bapak SARJONO mewakafkan tanahnya seluas 10.000 M2, yang bertempat di jalan Baturaja RT. 5 Dusun 2 Desa Keban Agung Kec. Lawang Kidul untuk dijadikan lokasi MTsN Filial Muara Enim (MTs Negeri 2 Muara Enim Sekarang).

Dengan melalui proses dan prosedur yang ada, maka akhirnya berdirilah gedung baru MTsN Filial Muara Enim tahun 1994/1995 dengan 3 Ruang Belajar. Sementara itu proses akreditasi dari MTsN Filial Muara Enim berubah menjadi MTsN Lawang Kidul dengan SK Nomor : 515 A / 25 Nopember 1995.

Kemudian, terhitung pada tanggal 2 Agustus 2017 dengan nomor surat dari Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sumatera Selatan B-1739/Kw.06.4/3/PP.00/08/2017 atas Perihal perubahan nama Madrasah Aliyah Negeri (MAN), Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) di Provinsi Sumatera Selatan maka, MTs Negeri Lawang Kidul resmi berganti nama menjadi MTs Negeri 2 Muara Enim (sampai sekarang).

Adapun Nama-nama Kepala MTs Negeri 2 Muara Enim yaitu :

  1. Drs. SIBAWEIHI HASIBUAN                        (Periode Tahun 1995 – 2002)
  2. Drs. MASYANI TUSIN, MM                           (Periode Tahun 2002 – 2004)
  3. Drs. SURYA PATALA                                       (Periode Tahun 2004 – 2011)
  4. EFI ALMANSYAH, S.Pd                                  (Periode Tahun 2011 – 2016)
  5. FAHRAN RADI, S.Pd., M.M                           (Periode Tahun 2016 – 2018)
  6. ABUDDARDA, S.Pd                                        (Periode Tahun 2018 – sampai sekarang)